Flores comenzó su trayectoria como entrenador desde el 2004 con el Colegio Navarrete y, desde ese momento, sigue activo como entrenador de equipos infantiles, juveniles, tanto varonil como femenil.
Con los equipos femeniles comenzó desde el 2005, también con el Colegio Navarrete.
Para el 2008 el "Profe" Iván comenzó a dirigir al conjunto de Floci's y desde la fecha mencionada ya son catorce años con dicha escuadra en la categoría Femenil Libre, consiguiendo algunos campeonatos importantes y siendo uno de los equipos referentes de la liga, sumando muchas jugadoras a los diferentes selectivos de Guaymas.
También, ha tenido la oportunidad de dirigir algunos selectivos de Guaymas. Dentro de los últimos años, siendo esto lo más reciente ha sido que Iván Flores ha dirigido al equipo de Ostioneras FC una temporada en la Liga MX A, donde posteriormente se separaría de los dirigentes del equipo.
Después de la separación del equipo antes mencionado, el "Profe" Iván Flores se decide a crear el equipo de FC Marineras y meterla a la Liga La Mexicana, con las cuales ya tienen un año y actualmente comenzaran a competir en la Liga Mexicana Femenil Amazonas.
Recientemente participó en un estatal de Scotiabank en la ciudad de Hermosillo, logrando conseguir el segundo puesto por tan solo una diferencia de dos puntos.
Al día de hoy, Iván Flores será el nuevo dirigente de Guerreras, firmando por una temporada, para ver si las jugadoras se adaptan al estilo de juego que viene manejando por varios años.
Le deseamos mucho éxito en esta nueva etapa.