Por pagos de nómina irregulares, la Contraloría Municipal sigue investigación contra ex servidores públicos de Empalme.
De acuerdo con la Cuenta Pública 2021, el Ayuntamiento realizó pagos de nómina a personas cuya relación laboral con el gobierno no se pudo comprobar durante los últimos meses de Francisco Genesta Sesma.
El documento del Instituto Superior de Auditoría y Fiscalización estableció que por un monto superior a los 2 millones de pesos hubo cobros de sueldos sin justificación.

La misma auditoría financiera reveló que se hicieron pagos a empleados que estaban en nómina y recibieron otra remuneración sin soporte de servicios.
El pago a personas con parentesco directo de servidores públicos es otra de las irregularidades que aparecen en la Cuenta Pública y son investigadas por el Órgano de Control y Evaluación Gubernamental que encabeza Leobardo Olmos de la Cruz.
En la Cuenta Pública 2021, el Ayuntamiento de Empalme fue uno de los peores calificados con 3.1 lo que derivó en más procesos administrativos en la Contraloría.